Lekarze zakładowi pełnią prawnie ustalone funkcje, czyli wspierają pracodawcę w zakresie bezpieczeństwa i ochrony w pracy. Jeśli jednak pracodawca przypuszcza, że ktoś jest niezdolny do pracy, może ze względu na wątpliwości co do bezpieczeństwa, wysłać zatrudnionego na badanie u lekarza zakładowego.

Przykładem może być sytuacja w której szef podejrzewa, że pracownik jest od czegoś uzależniony. Jeśli pracodawca chce natomiast sprawdzić zwolnienie lekarskie zatrudnionego i wysyła go do lekarza zakładowego, działa niezgodnie z prawem. Dodatkowo lekarze zakładowi muszą dotrzymać tajemnicy lekarskiej. Jeśli pracownik nie zwolni go więc tajemnicy, pracodawca i tak niczego się nie dowie.

Zwolnienie z tajemnicy lekarskiej może wyniknąć jednak z obowiązków pracownika. Jednak nawet w takiej sytuacji zatrudniony nie musi podać wszystkich szczegółów odnośnie swojego stanu zdrowia, a jedynie tylko te, które są  istotne dla stosunku pracy.